高中生偵探工藤新一和青梅竹馬的同學毛利蘭一同去遊樂園玩的時候，目擊了黑衣男子的可疑交易現場。只顧偷看交易的工藤新一，卻忽略了從背後接近的另一名同夥。他被那名男子灌下了毒藥，當他醒來時，身體居然縮小了！
如果讓那些家夥知道工藤新一還活著的話，不僅性命難保，還會危及身邊的人。在阿笠博士的建議下他決定隱瞞身份，在被小蘭問及名字時，化名江戶川柯南，為了搜集那些家夥的情報，寄住在父親以偵探為業的小蘭家中。
謎團重重的黑衣組織……他所了解的，就只有他們是以酒的名稱作為代號的。為了揭露那些家夥的真面目，小小偵探江戶川柯南的活躍開始了！